La direction d'Angela Merkel a été soumise à de nouvelles pressions après que les électeurs eurent choisi des partis d'extrême droite et des partis verts pour remplacer ses alliés bavarois.
L'Union chrétienne-sociale (CSU) a connu son pire résultat électoral en 68 ans, perdant sa majorité absolue après avoir remporté 37,3% des suffrages lors des élections régionales de dimanche.
Ce n'est que la deuxième fois depuis 1962 que le parti conservateur a perdu sa majorité absolue dans l'Etat de Bavière, une situation qui ne manquera pas d'aggraver une relation déjà tendue avec son homologue plus grand, l'Union chrétienne démocrate (CDU) du chancelier allemand.
Les Verts, favorables à l'immigration, sont arrivés en deuxième position, le parti ayant attiré plus d'électeurs libéraux du CSU, doublant sa part du vote depuis cinq ans, à 17,8%.
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L'alternative d'extrême droite pour l'Allemagne (AfD) est entrée pour la première fois dans l'assemblée nationale, remportant 11% des suffrages, ce qui signifie que la CSU devra former une coalition dans un État où elle est habituée à gouverner seule.
"Bien sûr, la CSU n'a pas fait la journée aujourd'hui. Nous n'avons pas obtenu de bons résultats", a déclaré le Premier ministre bavarois, Markus Soeder.
"Nous acceptons le résultat avec humilité."
Le jeune partenaire de la coalition de Mme Merkel à Berlin, les sociaux-démocrates de centre-gauche (SPD), a également eu des résultats décevants, remportant à peine 9,5% des suffrages.
La dirigeante du SPD, Andrea Nahles, a imputé la "piètre performance" du gouvernement fédéral à la faiblesse de son parti en Bavière.
"Il est clair que quelque chose doit changer", a-t-elle déclaré.
Fred Kempe, président du groupe de réflexion Atlantic Council basé à Washington, a déclaré: "Le séisme politique a eu lieu en Bavière, mais les répliques se feront sentir à Berlin.
"Les discussions porteront de plus en plus sur la fin de l'ère Merkel".
Le dirigeant du CSU, Horst Seehofer, a progressivement déplacé son parti vers la droite pour tenter de stopper la montée de l'AfD après l'entrée en Allemagne de plus d'un million de migrants en 2015, grâce à la politique de porte ouverte de Mme Merkel.
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M. Seehofer, qui est le ministre fédéral de l'Intérieur, a lancé une campagne d'attaques personnelles contre Mme Merkel, au milieu d'une ligne dure contre les demandeurs d'asile.
Michael Weigl, politologue à l’Université de Passau, a déclaré: "Cela a créé un climat politique de polarisation dont les Verts et l’AFD ont le plus bénéficié, avec leurs positions claires sur l’immigration.
"Pour la CSU, cette stratégie s'est retournée contre nous."
M. Seehofer a déclaré qu'il n'avait pas exclu la démission, mais qu'il ne formerait pas d'alliance avec l'AfD.
